Мозамбик омывается Индийским океаном на востоке, граничит с Танзанией на севере, Малави и Замбией — на северо-западе, Зимбабве — на западе и Свазилендом и ЮАР — на юге. Почти половину страны занимает Мозамбикская низменность. На севере страны находится плато Ньяса (средние высоты 500–1000 м, а отдельные вершины поднимаются до 2000 м), обрывающееся к одноименному озеру; на северо-западе и западе страны — кристаллические плато Мозамбик, Ангони, Мотабели с высшей точкой — горой Бинга (2436 м). У границы с ЮАР, на юго-западе Мозамбика, высятся вулканические горы Лебомбо.

По территории Мозамбика протекают крупные реки Замбези и Лимпопо и множество более мелких рек (Лурио, Сави, Лигонья и др.), в пределах горной части имеется множество порогов и водопадов. Северо-западная часть страны является побережьем гигантского пограничного озера Ньяса, на границе с Малави расположено также озера Чилва.