Город Йена впервые упоминается в документах в 1236 г. В 1523-24 гг. Йена становится центром реформации. В 1558 основан ее знаменитый Университет. Примерно в 1800 году Йена становится важным культурным и научным центром - здесь творят и работают Гете, Шиллер, Фихте, Хегель, Фейербах, Шеллинг, Гуфеланд, Доберейнер, и круг поэтов раннего романтизма во главе с Иоганном Людвигом Тиком, в Йене также работали известные критики Август и Фридрих Шлегели. В 1846 Карл Цейс основал в Йене знаменитую оптико-механческую фирму.В т.н. "Доме романтиков" сегодня располагается литературный музей. Здание построено в 1669 г. на самой окраине, но все же в городской черте. В этом единственном сохранившемся в данном районе здании тех лет представлены поэты йенской школы романтизма и другие знаменитости, в том числе философ Иоганн-Готлиб Фихте, который жил в Йене с 1794 г. Летний домик Фридриха Шиллера - Gartenzinne, здесь поэт развивал "Валленштейн", написал некоторые части "Марии Стюарт" и "Орлеанской девы" и множество баллад.Память о Иогане Фольфганге Гёте хранит бывший домик иснспектора ботанического сада, на должности которого служил Гёте в 1825-26 гг., бывший не только поэтом и государственный деятелем, но и естествознателем. Сегодня в йенском ботаническом саду на площади 4,5 га представлено около 10,000 видов цветов всех климатических поясов земли, под открытым небом и в оранжереях.В доме зоолога Эрнста Геккеля, на "Вилле "Медуза", сегодня расположен институт истории медицины, естественных наук и технологий университета Фридриха Шиллера, а также музей Эрнста Геккеля, рассказывающий о жизни и работе ученого. В 1908 открывается новое главное здание университета. 1926 в Йене открывается планетариум. В 1945 город сильно пострадал от бомбардировок. 1986 Йена празднует свое 750-летие. Начиная с 1990 ведутся активные работы по восстановлению исторического облика старого города.