Климат острова формируется юго-восточным пассатом и Южно-Индийским антициклоном. В разных районах острова климат может различаться очень заметно. Средняя температура в столице +18°C, на побережье +24..+26°C. Прибрежные районы острова часто страдают от разрушительных циклонов.

Самые жаркие районы острова — северо-западное побережье и плато Бемараха, где средняя температура достигает +34°C. На вершинах горных массивов бывают значительные понижения температуры и заморозки. «Сезона дождей» на Мадагаскаре нет.