Законодательная власть в стране принадлежит однопалатному Национальному конгрессу, состоящему из 120 членов, выборы которых проводятся по партийным спискам одновременно с выборами президента сроком на 5 лет. Прерогативой Конгресса является принятие бюджета, утверждение соглашений о займах и международных договоров, разработка законопроектов и принятие законов. Конгресс имеет право проведения расследований по «вопросам, имеющим общественное значение», делать запросы и выражать недоверие правительству (Совету министров) или отдельным его членам.
Судебная власть, которая официально считается третьей ветвью власти, независимой от двух других, издавна являлась оплотом политического фаворитизма. После того как в апреле 1992 Фухимори совершил государственный переворот, функционирование судебной системы страны было приостановлено, затем она была перестроена с расчетом на бoльшую независимость от влияния правящей политической элиты. Члены Верховного суда назначаются независимым Национальным юридическим советом. Конституционный суд, семь членов которого избираются Национальным конгрессом на пятилетний срок, имеет право, со своей стороны, отменять постановления правительства. По конституции 1993 была восстановлена смертная казнь за такие преступления, как терроризм и измена в военное время.