Сальвадор граничит с Гондурасом на востоке и севере, и Гватемалой на западе. На юге омывается Тихим океаном.

Большая часть территории страны представляет собой вулканическое нагорье высотой 600—700 м над уровнем моря. Самые высокие горы - Санта-Ана (2381 м) и почти непрерывно действующий с 18 века вулкан Исалько (1885 м), который называют «маяком Сальвадора». К северу от вулканического нагорья почти параллельно побережью лежит долина реки Лемпы.

Нагорье покрывает мощный слой вулканического пепла и лавы, на которых образовалась пористая плодородная почва. Часть лесов на территории страны была вырублена в 19 веке под кофейные плантации.

Административно страна разделена на 14 департаментов (departamento), состоящих в свою очередь из муниципалитетов.